Las Amalgamas (Amalgamates en inglés), son un grupo de monstruos devueltos a la vida por Alphys al inyectarles Determinación, durante un experimento para intentar obtener el poder de las Almas y escapar del Underground. Sin embargo, el cuerpo de los monstruos no puede aguantar el exceso de Determinación, por lo que su forma física terminó perdiendo cohesión y acabaron mezclándose y fundiéndose entre sí formando estas criaturas.

Antes de fusionarse, los monstruos que componen tuvieron un corto periodo de tiempo en que vivieron normalmente, durante el cual Alphys prometió a sus familias que estos volverían. Sin embargo, cuando se fusionaron en los Amalgamas, Alphys se avergonzó de su fallo y los confinó en el laboratorio Verdadero, mientras que ella misma también intentaba aislarse del exterior. En el Laboratorio Verdadero no hay encuentros aleatorios, como en otras zonas, por lo que cada Amalgama solo aparece una vez, y siempre lo hace en el mismo lugar. Todas las Amalgamas son distintas entre sí, cada cual con su propio proceso para poder perdonarlas. No hay forma de evitar o "saltarse" un combate contra una Amalgama, ya que, o es obligatorio luchar contra ellas para obtener una llave (MemoryHead, la madre de Snowdrake), para seguir avanzando (Lemon Bread bloquea el pasillo, y Reaper Bird aparece en un pasillo con espejos que es obligatorio atravesar), o al realizar algún evento (Endogeny).

Muchos Amalgamas parecen haber retrocedido hasta un estado parcialmente salvaje, atacando a Frisk en la creencia de que posee comida / por llevar las Patatas Fritas que ha conseguido previamente en la máquina expendedora. Aun así, es posible hacerles recordar quiénes fueron ejecutando las acciones adecuadas durante la batalla, tras lo cual no querrán luchar más y podrán ser perdonados.

Hay un total de 6 Amalgamas en lugar, aunque solo se puede luchar contra 5 de ellas: MemoryHead, Endogeny, Reaper Bird, Lemons Bread y la Madre de Snowdrake. La sexta Amalgama es una figura delgada que aparece acariciando al protagonista en la cabeza si se tumba en una cama y espera el tiempo suficiente, y posteriormente puede verse su sombra tras la cortina del baño. También es probable que sea a esta Amalgama a quién se refiera la frase "There’s something here... Something in the shape of a man." (Hay algo aquí... algo con la forma de un hombre) que aparece en la sala de los frigoríficos si la ventilación aun no ha sido activada.